Also ich kann dir nur von meiner eigenen Erfahrung berichten und die sagt das die Bemalung der Armee eher eine untergeordnete Rolle spielt.
Klar hast du Black Templars im BT Schema angemalt und sagst auf einmal das sind Ultramarines weil die Regeln gerade stärker sind kannst du einen komischen Blick ernten.
Hast du allerdings einen selbst erstellten Orden mit eigenem Farbschema und spielst den nach unterschiedlichen Regeln habe ich bisher noch nie mit bekommen das es da Probleme gab. Ganz im Gegenteil die meisten haben sogar eher Verständnis, dass man gerade zu Beginn eher in einer Findungsphase ist.