Das ist aber nicht Kanon...
Die "Lücken" im Fluff sind doch aber m.M.n. gerade das schöne an 40k. Hier kann jeder seine Interpretationen einfüllen und man kann schön in Foren darüber diskutieren.
Laut HH-Büchern gilt, soweit ich es verstanden hab (bin aber erst bei "Gebieter der Menschheit" angekommen) ;
-Beide "verlorenen" Primarchen existieren bis zur Zerstreuung durch Horus/die Chaosgötter in ihren Zuchttanks.
-Leman Russ tötet im Auftrag des Imperators einen seiner gefundenen Brüder, dessen (terranische?) Legion wird in die Ultramarines integriert.
-Mehr zu den zwei fehlenden Primarchen hab ich bisher nicht gefunden. Vielleicht kommen aber ja ganz überraschend doch zwanzig Bände von der "Die Primarchen" -Reihe.
-Der Imperator benutzt seine mächtigsten Werkzeuge (seine Primarchen/Generäle) genauso wie alle anderen (Thunderwarriors) davor. Einigen von ihnen wird allein ihr eingeräumter Entscheidungsspielraum zum Verhängnis (daher Häresie: altgr. Wahl, Entscheidung), einige wehren sich gegen ihr vermeintliches Schicksal, andere nehmen es an bzw. fügen sich ihm.
-Der Verrat am Imperator geht nicht auf Logar, KorPheron, Erebus oder gar Horus zurück, sondern schwelt seit der Einigung Terras, der Eroberung Lunars bzw. des Mars, spätestens seit Beginn des "Warpgate-Projekts".
Ich für meinen Teil hoffe inständig, dass zumindest einige dieser "Lücken" erhalten bleiben, damit ein wenig der "80er-Erotik" des alten 40k erhalten bleibt und nicht alle Rätsel im Stil von "modernen HD-Porn" beleuchtet bzw. ausgeschreiben werden.
Außerdem wird für mich einer der verlorenen Primarchen immer Sigmar bleiben.