Einfachste Regelung dürfte sein eigener Codex, Supplenment = Eintrag.
Einfach ja, aber so gar nicht nachhaltig. Wie GW die Bücher nennt und welche Unterfraktionen überhaupt Supplements haben, ist so willkürlich wie wandelbar. Ich denke das sollte man weitestgehend ignorieren und selbst eine Ordnung wählen, die mehr dem Hintergrund und nicht zu sehr an das Spiel angelehnt ist. Wenn man sich ein bestimmtes System zugrunde legt (nur Codizes, auch Supplements, was auch immer), dann darf das an manchen Stellen auch ruhig mal gebrochen werden - Supplements können eine gute Richtlinie sein, aber vielleicht braucht nicht jedes einen Eintrag. Sowas wie Cult of Strife z.B. stellt einen so kleinen Bruchteil eines Bruchteils einer Armee dar, dass mir ein Eintrag einfach überflüssig erscheint, aber das wäre kein Grund, um das System Supplement komplett zu verwerfen.
Mal etwas konkreter mit Kommentaren zur aktuellen Liste:
- Grey Knights vielleicht raus aus Marines und rüber zu Imperium? Sie sind praktisch ja schon Marines, aber irgendwie auch nicht und aktuell sogar mit eigenem Astartes Keyword unterwegs.
- Legion of the Damned finde ich als Armee-Auswahl überflüssig, weil sie wenn dann nur ergänzend auftauchen.
- Inquisition + Assassinen = Agenten des Imperium finde ich sinnvoll
- Entweder Deutsch oder Englisch, aber lieber kein Mix 
- Aeldari hätte ich lieber weiterhin aufgeteilt in Asuryani, Drukhari und Harlekin. Ynnari kann, muss aber nicht - da weiß GW selbst noch nicht so genau, was sie wollen. Vielleicht stellt man Aeldari auch zusätzlich zur Auswahl, falls man sich nicht genauer zuordnen kann oder will.
- Space Marines sind schwierig. Ich würde hier nach Hintergrund gehen und pauschal sagen, dass nur die nicht codextreuen Orden eigene Einträge bekommen, aber nicht jede Farbnuance die mehr oder weniger random gerade mal Regeln hat (auch wenn sich ein paar Orden mittlerweile mehr in diesem Status etabliert haben).
- Chaos ist auch schwierig. Ich fände es zuviel jede Legion aufzuzählen, aber die klassische Variante, die die 4 Hardliner hervohebt und alles Ungeteilte zusammenwirft, finde ich nach Hintergrund eher ungeschickt. Auch wie die 4 Legionen umgesetzt werden, ändert sich im Laufe der Zeit sehr stark - erst war alles in einem Codex, dann wurden Dämonen ausgelagert und über das Ally-System verfügbar gemacht, dann gab es Supplements und aktuell eigene Codizes ... wie gesagt, ich würde mich da nicht nach GWs Launen richten. Nach Hintergrund finde ich Chaosfraktionen am besten durch eine Kombination zweier Auswahlen dargestellt: a) Chaos Marines / Chaos Dämonen / Chaos Ritter + b) Gottheit / Ungeteilt. Mir würde das so auch reichen, könnte aber vielen Leuten zu reduziert sein 
Dann mal ne blöde Frage:
Können wir für die Armee-Auswahl nicht einfach eine Usereingabe nutzen?
Blood Angels, Dark Angels, Space Wolves und Black Templar, ergänzend dazu noch die Deathwatch. Andere Orden würde ich nicht differenzieren.
