Der Roman "Titanensturm" bietet da einige nette Einblicke...
Wenn ich es richtig in Erinnerung habe, dann operiert der Mars unabhängig vom Imperium. Beide Seiten (Imperium und Mars) gehen sogar so weit und bezeichnen die jeweils anderen als eine andere Rasse. Einzig zusammengehalten vom Glauben an den Gott-Imperator zu Terra. Wobei man bei letzterem differenzieren muss da der Mars in zwei Fraktionen gespalten ist. Die einen sehen den Gott-Imperator im Omnissiah, während die andere Fraktion den Omnissiah als eine zusätzliche Gottheit betrachtet und verehrt.
Im Buch kam es ja während der Belagerung zu einer Auseinandersetzung zwischen Imperialen und der Legio Tempestus. Niemand wollte sich nach der Glaubenskrise von dem anderen befehlen lassen und hätte nicht gerade das Chaos angegriffen, dann hätten sich Imperiale und Mars gegenseitig zerfleischt!
Laut dem Roman behaupte ich also, dass der Mars sich nicht allzu sehr um die Inquisition scheren wird und versuchen wird den Abtrünnigen zu beseitigen. Der Inquisitor mag zwar nicht der Priesterschaft befehlen können, aber er hat ja die gesamten lokal verfügbaren Imperialen Institutionen zu seiner Verteidigung zur Verfügung! Das könnte auf jeden Fall spannend werden!