Wie wärs denn damit:
Nachdem einige Jahrhunderte nach dem momentanen Storystand weitere kleine bzw truppenschwache Orden wie die Crimson Fists durch Xenosinvasionen (zum beispiel einer Tyranidenschwarmflotte) ihre Ordensfestungen verloren haben und/oder ganz vernichtet wurden, zieht ein Bürgerkrieg auf, der das gesamte Imperium erschüttert. Die Menschheit gerät in Panik und die imperialen Truppen haben genug damit zu tun die Bevölkerung im Zaum zu halten, als dass sie sich auchnoch um die Befreiung verlorener Oder verderbter Planeten kümmern könnte.
Also bleibt wiedermal alles an den Space Marines hängen. Erstmals gestattet die Inquisition den Legionen also die überschreitung ihrer Maximalstärke und entschärft die Auswahlkriterien der neuen Rekruten, damit die Legionen nicht unter der Masse der Invasoren einfach zusammenbrechen. Dadurch dass die Auswahlkriterien entschärft wurden kommt es allerdings zu Fällen in denen vom Makel angehauchte Rekruten in die Orden aufgenommen werden wodurch das Chaos Einzug erhält.
Weitere Legionen fallen mit der Zeit dem Chaos anheim oder werden von innen heraus zerstört. Als die Inquisition ihren Fehler bemerkt ist es zu spät. Die verbliebenen Legionen erkennen die Autorität der Inquisition aufgrund dieses fatalen Fehlers nichtmehr an und beschließen einen neuen Codex zu verfassen. Den "Codex Miseria" (Codex der Not).
Dieser befähigt sämtliche Orden dazu im Falle eines sicheren Verlustes der Ordensfestung, den gesamten Planeten und alle Angreifer in den Warp zu schießen, damit von diesen keine Bedrohung für die Menschehit mehr ausgehen kann. Diese Verzweiflungstat rettet zwar Milliarden von Leben und setzt sogar einige Schwarmflotten außer Gefecht, dennoch gehen weitere Orden zusammen mit ihren Festungen im Warp verschollen.
Um den Verlust der zahlreichen Legionen zu kompensieren beauftragt die Regierung auf Terra den Adeptus Mechanicus damit Maschienen herzustellen, um die Gensaat der verbliebenen Orden zu klonen. Die Leistung der dadurch entstehenden neuen Orden ist zwar erheblich geringer als die der anderen Orden, dennoch sind sie den normalen imperialen Truppen um vieles voraus. Die Lage des Imperiums stabilisiert sich nach und nach wieder. Der Adeptus Mechanicus entwirft Baupläne für Schlachtkreuzer, die speziell zur Suche nach den im Warp verschollenen Orden eingesetzt werden sollen. Der mittlerweile stark dezimierte und führerlose Orden der Crimson Fists (als Pedro Kantor starb weigerten sich die Crimson Fists einen neuen Ordensmeister zu akzeptieren bis die Lage sich beruhigt hätte) meldet sich freiwillig dafür in den Warp zu reisen um ihre Space Marine Brüder ausfindig zu machen und ihnen beizustehen. Nachdem ein neuer Ordensmeister die Führung übernommen hat und 3 der speziellen Schlachtkreuzer fertiggestellt wurden ziehen die Crimson Fists in den Warp.
Die neuen Orden der geklonten Space Marines konzentrieren sich darauf die Übergriffe der Orks in den Sektoren um Terra herum zu zerschlagen.
Die übrigen Legionen koordinieren den Wiederaufbau der äußeren Sektoren des Imperiums.
Die Ultramarines (der einzige Orden neben den Blood Angels, der noch dem Codex von Rouboute Guillaume folgt) bemühen sich darum versprengte Überreste der Xenos-Invasoren zu finden und auszulöschen.
Einige Jahrhunderte später taucht einer der drei Schlachtkreuzer aus dem Warp wieder auf.
An Bord befindet sich nur ein einziger Space Marine. Er berichtet von den zerstörten Ordensfestungen, die sein Kreuzer ausgemacht hat und von den schrecklichen Kreaturen, die sich am Leid der noch verbliebenen Wesen gelabt hatten, bevor sie seinen Kreuzer entdeckt und sich an Bord teleportiert hatten. Bei der Schilderung des folgenden MAssakers unter der Besatzung bricht der Crimson Fist mit vor Schrecken geweiteten Augen zusammen.
Er wird von Apothekari untersucht, doch nach vier Tagen stibrt er am Dämonengift, das seinen Körper zerfraß.
Das Imperium bereitet sich nun verstärkt auf einen erneuten Schlag aus dem Warp vor.
Im 43. Jahrtausend ist es soweit. Nur einige Jahre bevor das Chaos aus dem Nebel bricht, erscheint ein Eldar auf Terra. Er warnt die Menschen vor dem bevorstehenden Angriff und bietet ein Bündniss zwischen Menschen und Eldar an. Als Zeichen ihrer Vertrauenswürdigkeit bietet er an, dass sein Volk sein technologisches Wissen im Austausch für Schutz zur Verfügung stellt. Die Menschen stimmen erstmalig einer langfristige Allianz mit Xenos zu.
In den folgenden Jahren hat das Imperium wieder stark zu leiden. Der andauernde Kampf gegen die unglaublich zahlreichen Legionen des Chaos und zunehmne Überfälle der Dark Eldar schwächen die Menschheit zusehends.
Im entscheidenden Moment brechen die beiden übrigen entsandten Schlachtkreuzer der Crimson Fists aus dem Warp. Im Schlepptau fünf der im Warp verschollenen Legionen... in voller Soll-Stärke.
Gezwungen an zwei Fronten zu kämpfen verliert das Chaos immer mehr an Stärke. In den folgenden Jahrzenten wird die Kampfkraft der verräterischen Orden beinahe halbiert. Der Sieg des Imperiums scheint sicher.
Doch hinter den Sternen lauern noch immer die Schwarmflotten der Tyraniden und auch das aufstrebende Imperium der Tau scheint in den WIrren der Kriege beinahe vergessen worden zu sein.
Der Kampf ist für die Menschheit noch lange nicht vorbei... 
Einfach aus der Luft gegriffen ich hoffe es gefällt euch. Mir persönlich würde eine Stoyentwicklung in diese Richtung sehr gefallen.^^
Lg Kere
